药物合成研究所主要从事药物分子的合成开发，绿色制药的基础研究、技术创新及应用研发。本研究所立足建设一支具有国际一流学术水平，在行业内有显著影响力的专业科研队伍，并结合台州市医药产业，服务地方，推动地方医药快速发展。

  药物合成研究所由马永敏教授负责，拥有6-7名具有博士学位的教师组建的科研队伍，主要研究方向为小分子含氮等杂环药物中间体的合成、铁螯合剂的合成和开发、铁荧光探针设计和应用等。