生物制药研究所依托学科为微生物与生化药学（药学）和微生物学（生物学）， 是专业从事生物制药领域的基础研究、技术创新以及创新药物研发的校级研究机构。研究所紧密对接台州生物医药产业发展，立足建设一支具有国际视野、敢于直面经济建设主战场的专业研究队伍，服务于台州制药产业的转型升级；在推动区域制药创新能力建设的同时，通过技术与产业互动，推动台州学院生物制药学科的快速发展。

生物制药研究所将组建一支有约10位固定人员的研究团队，主要研究方向为微生物合成生物学、微生物制药、生物技术制药、生化制药、基因表达与调控、微生物酶学等。